Выбирая санаторно-курортное учреждение, необходимо убедиться в отсутствии тех болезней, которые противопоказаны к лечению на данном курорте. Списки противопоказаний для различных методов санаторно-курортного лечения составляются научно-исследовательскими институтами курортологии и указываются на путевках. Ниже приведены методические указания Министерства Здравоохранения РФ, где описаны общие противопоказания, исключающие направление больных на курорты.

1. Любые болезни в стадии обострения и осложненные острогнойным процессом.
2. Все заболевания и состояния, требующие госпитализации, хирургического вмешательства и лечения в условиях стационара.
3. Инфекционные заболевания, срок изоляции которых не окончен. 
4. Венерические заболевания в острой и заразной форме.
5. Наличие бацилл дифтерии и кишечных инфекций.
6. Все заразные и паразитарные заболевания кожи и глаз.
7. Все болезни крови в острой стадии и стадии обострения, лейкемия (кроме специализированных санаториев).
8. Часто повторяющиеся или обильные кровотечения.
9. Кахексия любого происхождения. 
10. Злокачественные новообразования. Больные после радикального лечения злокачественных новообразований (хирургического, облучением, комплексной химиотерапии) при общем удовлетворительном состоянии могут направляться только в местные санатории для общеукрепляющего лечения.
11. Амилоидоз внутренних органов.
12. Все заболевания, при которых больные не способны к самостоятельному передвижению и самообслуживанию, нуждаются в постоянном специальном уходе (кроме лиц, подлежащих лечению в специализированных санаториях для спинальных больных).
13. Психические заболевания.
14. Судорожные припадки и их эквиваленты, умственная отсталость (кроме специализированных санаториев), расстройства поведения и социальной адаптации.
15. Эхинококк любой локализации. 
16. Беременность во все сроки - на бальнеологические и грязевые курорты, а на климатические курорты, начиная с 26-й недели. Кроме того, во все сроки беременности нельзя направлять жительниц равнин на горные курорты, расположенные на высоте более 1000 м над уровнем моря.
17. Все формы туберкулеза в активной стадии (кроме санаториев туберкулезного профиля).